Στα ΕΕΕΕΚ διδάσκονται μαθήματα Γενικής Παιδείας:
- Γλώσσα,
- Μαθηματικά,
- Γυμναστική,
- Μουσική,
- Κοινωνική και Επαγγελματική Αγωγή,
- Πληροφορική,
- Αισθητική Αγωγή.
Το ωρολόγιο πρόγραμμα των ΕΕΕΕΚ είναι δημοσιευμένο στα ΦΕΚ 527/2001 και 765/2002, όπως και ο κανονισμός λειτουργίας τους.
Η διδασκαλία των παραπάνω μαθημάτων αποσκοπεί στη συντήρηση κάποιων βασικών κατακτημένων δεξιοτήτων (ανάγνωσης, γραφής, αριθμητικής κτλ), αλλά και στην ανάπτυξη των δεξιοτήτων του κάθε μαθητή, ανάλογα με το νοητικό του δυναμικό και τις Ειδικές Εκπαιδευτικές Ανάγκες του. Τα τμήματα είναι ολιγομελή και η κατανομή των μαθητών γίνεται μετά από εκπαιδευτική αξιολόγηση, προκειμένου να υπάρχει μια σχετική ομοιογένεια στο νοητικό και το γνωστικό επίπεδό των μαθητών κάθε τάξης. Το γεγονός αυτό, ενισχύει την αποτελεσματικότητα της διδασκαλίας και την εφαρμογή μικροομαδικών εργασιών και δραστηριοτήτων μέσα στην τάξη.
Δεδομένου του ότι δεν υπάρχει συγκεκριμένη ύλη και βιβλία για τα Εργαστήρια Ειδικής Επαγγελματικής Εκπαίδευσης και Κατάρτισης, κάθε διδακτική ώρα, κάθε μαθήματος, σε κάθε τμήμα, είναι προσαρμοσμένη ποσοτικά και ποιοτικά στις Ειδικές Εκπαιδευτικές Ανάγκες των συγκεκριμένων μαθητών. Επίσης, σε κάποιους μαθητές παρέχεται και εξατομικευμένη διδασκαλία, προκειμένου να ενισχυθούν μαθησιακά εκεί που αντιμετωπίζουν περισσότερες δυσκολίες.
